1939/1940

• Rektorem zvolen prof. Dr. Ing. Rudolf Haša, řádný profesor zařizování a oceňování lesů, lesní statiky a dendrometrie.
• Zavedeno dvojjazyčné úřadování. Po dobu okupace užíván dvojjazyčný název Landwirschafliche Hochschule in Brünn - Vysoká škola zemědělská v Brně.
• Přidělení šestnácti zaměstnanců zrušené československé armády k práci na ústavech, školních statcích a rektorátu.
• V zimním semestru zapsáno 388 posluchačů, z nich bylo 52 cizinců (25 Slováků a 17 Bulharů). V důsledku antisemitských nařízení povoleno přijmout jen 4 % posluchačů židovského původu. Z 41 posluchačů zapsaných v roce 1938/1939 smělo být zapsáno jen šest studentů.
• 17. listopad 1939, uzavřeny české vysoké školy v Protektorátu Čechy a Morava. Okupace VŠZ oddíly SS. Budova na Zemědělské ulici znovu otevřena 20. 11. 1939. Budova na Lesnické ulici obsazena do 9. 12. 1939. Do 16. 12. 1939 musela být škola kompletně vyprázdněna.
• Zatčeno deset posluchačů VŠZ a uvězněno v koncentračním táboře Sachsenhausen - Augustin Bartík, Bohumír Běhula, Josef Dedek, Alois Smutný, Karel Strouhal, Mirko Svoboda, Josef Kopecký, Boleslav Navrátil, Andělín Zatloukal, Josef Novotný.
• 19. 12. 1939 gestapo povolilo otevřít botanickou zahradu a devět ústavů pro vědecko-výzkumnou činnost sloužící rostlinné a živočišné výrobě a výživě lidu.
• Školní lesní statek VŠZ v Adamově předán do správy ředitelství Státních lesů a statků v Hodoníně. Od 1. 7. 1939 ustavena komisařská správa.

1940

• V titulární funkci rektora zůstal po celou dobu okupace prof. Dr. Ing. Rudolf Haša, řádný profesor zařizování a oceňování lesů, lesní statiky a dendrometrie.
• Výnosem říšského protektora byla škola v lednu 1940 postavena pod komisařskou správu. Komisařským správcem VŠZ ustanoven Ing. JUDr. et Dr. Camilo Worliczek, řádný profesor národního hospodářství a statistiky na Německé vysoké škole technické v Brně.
• Komisařský správce v průběhu března až května 1940 otevřel k vědecko-výzkumným účelům dalších osm ústavů, ústřední knihovnu, rektorátní kancelář a pokusná pole. Dozor nad otevřenými ústavy prováděly pověřené německé osobnosti jako ústavní zmocněnci.
• PhDr. Tomáš Čep, docent obecné sociologie a sociologie venkova, byl zatčen v dubnu 1940. Vězněn v letech 1940-1945 v německých žalářích jako člen odbojové skupiny Obrana národa.
• Předání diplomu čestného doktora VŠZ prof. Ing. Josefu Konšelovi. Promoční akt proběhl v salonku Besedního domu v Brně.
• Dohotoveny nové insignie VŠZ. Moravská družstevní centrála - Národní jednota záložen, reiffeisenek a družstev - je ukrývala společně se starými insigniemi až do roku 1942.

1941

• Posluchač 2. ročníku zemědělského inženýrství Richard Hapala, příslušník 311. bombardovací perutě Royal Air Force (RAF), zahynul jako poručík, letec československé zahraniční armády v červenci 1941 v bojích nad Anglií. Jeho jméno nese ulice Hapalova v Brně-Řečkovicích.
• Student 1. ročníku lesního inženýrství Zdeněk Hytka, vojín školy leteckých navigátorů RAF, zahynul jako letec československé zahraniční armády v červenci 1941 při cvičném letu nad Skotskem.
• Vyklizena budova VŠZ na Zemědělské ulici pro potřeby nacistických policejních složek. Ústavy přemístěny do budovy školy na Lesnické ulici, dále do budov Vysoké školy veterinární v Brně a České vysoké školy technické v Brně.
• Ústav ochrany lesů a myslivosti propůjčen České myslivecké jednotě k akci na záchranu koroptve, zdecimované za třeskuté zimy roku 1939/1940.

1942

• Přestěhování ústavu šlechtění rostlin do budovy zrušené České vysoké školy technické.
• Prof. PhDr. August Bayer, profesor dendrologie lesnické fakulty, za podíl na vysokoškolském odboji uvězněn v prosinci 1941 v Kaunicových kolejích. V únoru 1942 umučen v koncentračním táboře Mauthausen.
• Doc. RNDr. Vladimír Krist, soukromý docent Masarykovy univerzity, za okupace asistent VŠZ, od listopadu 1941 vězněn v Kaunicových kolejích jako člen odbojové skupiny Obrany národa. V březnu 1942 umučen v koncentračním táboře Mauthausen.
• Ing. Zdeněk Černošek, absolvent VŠZ, profesor Zemské odborné školy hospodářské v Uherském Brodě, umučen v březnu 1942 v koncentračním táboře Osvětim.
• Dr. Ing. Ladislav Langer, absolvent a doktor VŠZ, profesor Státní vyšší ovocnářsko-vinařské a zahradnické školy v Mělníku, umučen v březnu 1942 v koncentračním táboře Osvětim.
• Jan Chlívený, strojník školního zemědělského statku v Žabčicích, umučen v březnu 1942 v koncentračním táboře Osvětim.
• Prof. MVDr. Tomáš Vacek, profesor Vysoké školy zvěrolékařské v Brně, suplující profesor VŠZ, umučen v dubnu 1942 v koncentračním táboře Mauthausen.
• Následky atentátu na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha na VŠZ - v červnu 1942 zastřeleni v Kaunicových kolejích v Brně:
  • Ing. Blahoslav Čermák, vědecký pracovník Školního zemědělského statku VŠZ v Žabčicích, zatčen v prosinci 1941 za účast v odbojové skupině Obrana národa,
  • František Wenzl, honorovaný docent družstevnictví na VŠZ, předseda moravských zemědělských družstev, za ilegální činnost,
  • Dr. Ing. František Boleloucký, absolvent a doktor VŠZ, ředitel Zemské hospodářské školy v Židlochovicích, za účast v odbojové skupině Obrana národa,
  • Bohumír Běhula, posluchač 4. ročníku hospodářského odboru, za ukrývání své snoubenky židovského původu.
• Zabavena bankovní konta a depozita všech ústavů VŠZ, nadací a studentský majetek. Celkem zabaveno škole 320 742 K a 16 000 K v cenných papírech. Konta otevřených ústavů uvolněna v červenci 1942.
• Uvalena nucená správa na Školní statek v Žabčicích. Statek převeden pod vrchní správu Státních lesů a statků v Hodoníně.
• Zabaveny insignie VŠZ. Nové insignie převzaty německou správou města Brna k "věrné ruce". Staré insignie zkonfiskovala Německá vysoká škola technická v Brně.
• Ing. Josef Jánský, absolvent VŠZ, lesmistr v Pardubicích, zastřelen v červenci 1942 v Pardubicích-Pardubičkách.
• Lubomír Cagaš, posluchač 3. ročníku lesního inženýrství VŠZ, v roce 1941 zatčen za účast ve vysokoškolském odboji. Umučen v září 1942 v koncentračním táboře v Osvětimi.

1943

• Zastavena činnost ústavu pro zkoušení hospodářských strojů.
• Ústav botanický přičleněn k ovocnicko-vinařské sekci zemských výzkumných ústavů zemědělských.
• Ústav laktologický uzavřen.Přičlenění k brněnské pobočce Ústavu zdraví v Praze se nerealizovalo.
• Ing. Zdeněk Krčal, absolvent VŠZ, lesní rada Ústředního ředitelství státních lesů a statků, popraven v březnu 1943 v Mnichově.
• Ing. Robert Vaculík, absolvent VŠZ, mlynář ve Velkých Bilovicích, popraven v dubnu 1943 ve věznici ve Vratislavi (Wroclaw).
• Přestěhování inventáře uzavřených ústavů VŠZ do skladiště Brněnských spodkových koželužen, a. s. Brno.
• Státní pila na Školním lesním statku VŠZ v Adamově ustoupila válečnému průmyslu.
• Propůjčení místností VŠZ členským schůzím a valným shromážděním Moravské přírodovědecké společnosti a Přírodovědeckého klubu v Brně.

1944

• Zabavení přístrojů, kancelářského a jiného zařízení jednotlivých uzavřených ústavů VŠZ ve prospěch Německé vysoké školy technické v Brně.
• Evakuace listinného a dokumentačního materiálu a jiných cenností školy do kláštera Porta Coeli v Předklášteří u Tišnova před postupující frontou.
• K 1. září 1944 na VŠZ zaměstnáno 69 pracovníků, tj. přibližně 45 % personálního stavu roku 1939.
• Ing. Ondrej Kožuch, absolvent VŠZ, přednosta agropedologického ústavu Štátných výskumnych ústavov poľnohospodárskych v Košiciach, padl v září 1944 v boji o Slovensko u Spišské Nové Vsi.
• Nadporučík František Geisler, posluchač 1. ročníku lesního inženýrství, padl v září 1944 jako letec 1. čsl. armádního sboru v SSSR v bojích u Dukelského průsmyku. Po něm pojmenována ulice Geislerova v Brně-Židenicích.
• Ing. Julius Bruoth, absolvent VŠZ, lesní rada v Hronci, zastřelen v říjnu 1944 v bojích o Slovensko v polesí Osrblie.
• Karel Janíček, úředník školního statku v Žabčicích, zahynul v říjnu 1944 ve Vranovicích.
• Ing. Josef Pavlac, absolvent VŠZ, vládní rada Ústředního ředitelství státních lesů v Bratislavě, padl v listopadu 1944 v bojích o Slovensko v Lomu nad Rimavicou.
• Ing. Dimitrij Venerovský, absolvent VŠZ, lesní správce v Liptovském Hrádku, padl v bojích o Slovensko v listopadu 1944 v Bielém Potoku.
• Za leteckého útoku na Brno 20. 11. 1944 zasaženy ústav chemický, ústav agrochemický a ústav produkce rostlinné VŠZ, umístěné v budovách české techniky v centru města.

1945

• K 1. 1. 1945 odebráno VŠZ 58 % všech původních místností pro německé uživatele. V budově školy sídlily NSDAP, SA, policejní pluk Morava, zemské výzkumné ústavy zemědělské pod německým vedením, brněnská pobočka Německého zemědělského ústavu účetnicko-spravovědného v Praze a německá mateřská školka.
• Dr. Ing. Karel Neoral, první habilitovaný docent ovocnictví, zelinářství, vinařství a ovocnického průmyslu, zemřel v lednu 1945 po návratu z koncentračního tábora Oranienburg.
• Ing. Dr. Leopold Drozdek, absolvent VŠZ, zahynul v březnu 1945 v koncentračním táboře Dachau.
• Ing. Adolf Hrubý, absolvent VŠZ, správce regulovaného trhu ve Zlíně, zahynul v dubnu 1945 v Rakousku.
• Dr. Ing. Fridolín Šnajdar, asistent ústavu lesnické ekonomie, zabit při leteckém útoku ve Křtinách v dubnu 1945.
• Vladimír Malý, dělník školního statku v Žabčicích, zahynul v dubnu 1945 v Žabčicích.
• Ing. Josef Drozda, absolvent VŠZ, lesní rada v Plzni, zahynul v květnu 1945 v koncentračním táboře Terezín.
• Ing. Otakar Telec, absolvent VŠZ, okresní agronom v Pardubicích, zastřelen v květnu 1945 v Pardubicích.
• Ing. Vojtěch Tesař, absolvent VŠZ, lesní rada ústředního ředitelství Státních lesů a statků v Praze, zastřelen v květnu 1945 v Praze-Dejvicích.
• Podporučík Karel Rybníček, posluchač 2. ročníku hospodářského odboru, zahynul jako letec československé zahraniční armády v říjnu 1945 u Camberley.
• Budova školy na Zemědělské ulici při bombardování dvakrát zasažena. Přeměněna na kasárna.
• Doc. Dr. Ing. Jaroslav Kříženecký, zástupcem VŠZ (2. 5. 1945-10. 5. 1945).
• Prof. Dr. Ing. Rudolf Haša, zmocněncem pro VŠZ a její školní statky (14. 5.-25. 5. 1945).
• Rektorem jmenován prof. RNDr. Emil Bayer, dr.h.c., profesor všeobecné a zemědělské zoologie (25. 5. 1945--13. 11. 1945).
• Ztráty na životech příslušníků akademické obce VŠZ - 31 umučených, popravených, zahynulých a padlých učitelů, absolventů a posluchačů, oficiálně vzpomenutých tryznou a pamětními tisky. Další oběti holocaustu - 60 studentů, z nichž prokazatelně dva přežili a čtrnáct absolventů školy, z nichž prokazatelně jeden přežil.
• Válečné škody na majetku VŠZ vyčísleny na 7 410 000 Kč.
• Osvobozeno město Brno (26. 4. 1945).
• 3. května 1945 konána první porada profesorů VŠZ pod vedením docenta Kříženeckého.
• Budova VŠZ na Zemědělské ulici přechodným vězením pro zajatce, dále vojenskou nemocnicí. Od konce května v prozatímním užívání. Od čs. vojenské správy převzata v polovině září 1945.
• Velké škody na majetku ústavů VŠZ umístěných na Vysoké škole veterinární v Brně v důsledku její přeměny na zajatecký tábor.
• Zažehnány snahy o umístění VŠZ do Olomouce nebo o její přičlenění k České vysoké škole technické, resp. k Vysoké škole veterinární v Brně.
• Kaunicovým kolejím přidělen německý útulek Manda Studienheim na Zemědělské ulici č. 5 pro ubytování posluchačů VŠZ. Zřízena vysokoškolská kolej.
• Žabčický školní statek navrácen do správy školy. Statek v pravomoci ministerstva školství. Válečné škody odhadnuty na 3 950 000 Kč. Na statku zůstalo pouze šest kusů dobytka.
• Návrat školního lesního statku Masarykův les do správy školy. Statek v kompetenci ministerstva zemědělství. Na obnovu statku vyčleněno 1 700 000 Kč. Zvětšena rozloha statku (velkostatek Královo Pole, část velkostatku Líšeň a polesí Vranov).
• V létě 1945 na školním lesním statku probíhala cvičení posluchačů brněnské fakulty a Slovenské vysoké školy technické v Bratislavě.
• Ustavena závodní rada Vysoké školy zemědělské v Brně, první odborová organizace.
• Provedena národní očista v řadách zaměstnanců školy a prověření studentů z hlediska občanské a národní spolehlivosti. Závodní radou zřízeny dvě vyšetřovací komise. Vyloučeni - jeden vědecký pomocník, jeden asistent, jeden úředník a jeden zřízenec školy, distancováni tři profesoři, jeden soukromý docent.
• Aktivizace profesorských sborů a komisí pro státní zkoušky. Počátkem května 1945 aktivních jen osm profesorů. Organizace výuky (učební plány a učební příkazy).
• 20.června 1945 otevřeny tzv. výukové kurzy. Letní semestr oficiálně zahájen 25. června 1945. Zapsáno celkem 254 posluchačů, 168 posluchačů hospodářského odboru a 85 posluchačů lesnického odboru.
• Vytvořen Spolek posluchačů VŠZ v Brně, společný pro studenty obou fakult. Zasloužil se o obnovu zničené školy v rámci dobrovolné pracovní povinnosti.
• Koncem srpna konány v auditoriu maximu Právnické fakulty Masarykovy univerzity první poválečné promoce třinácti inženýrů a sedmi doktorů technických věd. Současně byly škole slavnostně navráceny zabavené insignie.

1945/1946

• Rektorem zvolen prof. dr. Ing. Rudolf Haša, řádný profesor zařizování a oceňování lesů, lesní statiky a dendrometrie.
• Pro výuku propůjčeny německé konfiskáty v bezprostřední blízkosti školy (německá obecná škola, soukromé domy). Poválečná obnova školy.
• V listopadu 1945 slavnostně zahájeny přednášky na VŠZ. Zapsáno celkem 1 349 posluchačů. První poválečné slavnostní imatrikulace konány v prostorách kina Lidobio na Marxově ulici (dnes Spolková).
• Slavnostní introdukcí obnoveny fakultní studentské spolky - Spolek posluchačů zemědělského inženýrství a Spolek posluchačů lesního inženýrství VŠZ v Brně. Zrušeny v roce 1952.
• Obnova a rekonstrukce budov a doplňování vnitřního zařízení školy poškozených válkou. Na VŠZ v činnosti na 29 ústavech 14 profesorů, 17 habilitovaných docentů, 17 honorovaných docentů, 13 asistentů.
• Obnoveno vydávání sborníku s názvem Sborník Vysoké školy zemědělské v Brně (Acta Universitatis Agriculturae et Silviculturae Brno). Jako periodikum vydáván od roku 1950. V letech 1953-1994 vycházel čtyřikrát ročně ve fakultních řadách.

1946/1947

• Rektorem zvolen prof. Dr. Ing. Josef Prokš, řádný profesor mlékařství.
• První slavnostní instalace rektora po osvobození. Rektorská přednáška na téma Mléko ve výživě lidu.
• Zapsáno 1 540 posluchačů, z toho 801 posluchačů zemědělského inženýrství a 739 posluchačů lesního inženýrství.
• Konána tryzna za umučené, popravené a padlé členy akademické obce VŠZ za druhé světové války. Pořízena pamětní deska a vitráže oken ve vestibulu hlavní budovy školy. Plastika a pamětní deska dílem akademického sochaře Jana Lichtága. Autorem vitráže oken byl akademický malíř Emanuel Hrbek.
• In memoriam uděleny:
  • Čestné doktoráty - prof. PhDr. August Bayer, Ing. Blahoslav Čermák, doc. RNDr. Vladimír Krist, doc. Dr. Ing. Karel Neoral, Dr. Ing. Fridolín Šnajdar, prof. MVDr. Tomáš Vacek, doc. František Wenzl.
  • Tituly doktorů technických věd - Ing. Miloslav Beránek, Ing. Dr. František Boleloucký, Ing. Julius Bruoth, Ing. Zdeněk Černošek, Ing. Josef Drozda, Ing. Leopold Drozdek, Ing. Adolf Hrubý, Ing. Josef Jánský, Ing. Ondrej Kožuch, Ing. Zdeněk Krčal, Dr. Ing. Ladislav Langer, Ing. Josef Pavlac, Ing. Otakar Telec, Ing. Vojtěch Tesař, Ing. Robert Vaculík, Jan Vaňata, Ing. Dimitrij Venerovský.
  • Tituly inženýrů - Bohumír Běhula, Lubomír Cagaš, František Geisler, Richard Hapala, Karel Rybníček.
• V roce 1946 byla na památku nacisty umučeného prof. RNDr. Augusta Bayera přejmenována kolej na Zemědělské č. 5 na Bayerovu kolej.
• Čestný doktorát udělen profesoru Rudolfu Hašovi, řádnému profesoru zařizování a oceňování lesů, lesní statiky a dendrometrie. Na jeho přání bez slavnostního ceremoniálu.
• Více než polovina ústavů VŠZ zapojena do dvouletého plánu (výzkumnická dvouletka). VŠZ zastoupena ve Státní výzkumné radě Státního úřadu plánovacího.
• Účast VŠZ na reformě studia a sjednocení vyučování na vysokých školách zemědělských v ČSR.

1947/1948

• Rektorem opět zvolen prof. Dr. Ing. Josef Prokš, řádný profesor mlékařství.
• Zapsáno 1 388 posluchačů, z toho 719 posluchačů zemědělského inženýrství a 669 lesního inženýrství.
• Hospodářský odbor VŠZ rozdělen na dva studijní směry - směr hospodářský a nově vzniklý směr vinařsko-zahradnický. Směrové studium realizováno od 3. ročníku. Úsilí o zřízení zahradnické (zahradnicko-vinařské) fakulty v Lednici bylo neúspěšné.
• Únor 1948 na VŠZ. Výzva akademických funkcionářů a studentských spolků posluchačům VŠZ v Brně k zachování klidu (25. 2. 1948). Zřízen akční výbor Národní fronty. Prvním předsedou profesor Rudolf Trnka. Zahájeny politické čistky na VŠZ.
• Obnoven včelín v areálu školy. V roce 2002 ustoupil výstavbě pavilonu Q.

1948/1949

• Rektorem jmenován prof. dr. Ing. Rudolf Trnka, řádný profesor agrikulturní chemie, analytické chemie a biochemie.
• Studijní rok 1948/1949 zahájen slavnostním slibem vedoucích studijních kroužků. Zapsáno celkem 910 posluchačů, z toho 505 na hospodářském odboru a 405 na lesnickém odboru.
• Zavedeny přijímací zkoušky pro absolventy všech typů středních škol. Politická kritéria a centrálně stanovená směrná čísla v přijímacím řízení. Praktikována přísná kontrola studia. Přijímáni absolventi dělnických kurzů (ADK).
• Proběhla třídní a studijní prověrka všech posluchačů školy. Z 935 prověřovaných posluchačů - 604 kladně prověřeno, 321 prověřeno záporně, deset se nedostavilo k prověrkám. Celkový úbytek 331 studentů (35,4 %). Po odvolání neprověřeno celkem 259 posluchačů (27,7 %).
• Zavedena povinná politická výchova na vysokých školách.
• V činnosti celkem 34 ústavů. Aktivních již 25 profesorů a 23 habilitovaných docentů, 22 honorovaných docentů a suplentů, 67 asistentů, 34 vědeckých pomocných sil, 15 demonstrátorů a 72 úředníků a pomocného personálu.
• Zapojení školy do 1. pětiletky.
• Do provozu uvedena čítárna posluchačů.
• V Bayerově koleji zřízena studentská menza.