1999/2000

• Rektorem prof. Ing. MVDr. Pavel Jelínek, DrSc., profesor speciální zootechniky.
• Zapsáno nejvíce studentů za celá 90. léta. Celkem studovalo 5 270 posluchačů, z nich 4 930 na magisterských a bakalářských programech a 340 v doktorském studiu.
• Oslava 80. výročí založení MZLU. Slavnostní shromáždění brněnské akademické obce na Magistrátu města Brna.
• Přistoupení MZLU do Brněnského centra evropských studií (BCES) v rámci regionální strategie Brno – univerzitní město. BCES zahájilo činnost v akademickém roce 2001/2002.
• MZLU zapojena do 5. Rámcového programu výzkumu a technologického vývoje EU pro období 1999–2002.
• Čestným doktorem MZLU promován prof. Dr. Slavko Matić, emeritní děkan a profesor pěstění lesa Lesnické fakulty v Zagrebu (Chorvatsko).
• Provozně ekonomická fakulta ve spolupráci s Nottingham Trent University a Brno International Business School (BIBS) otevřela první běh britských vysokoškolských programů.
• Na Ústavu genetiky Agronomické fakulty zřízena Laboratoř aplikované molekulární genetiky, známá pod akronymem LAMGen.
• Při Ústavu zemědělské, potravinářské a enviromentální techniky Agronomické fakulty zřízeno konzultační a poradenské středisko v rámci poradenského systému Ministerstva zemědělství.
• Do provozu předána třetí část Informačního centra s 270 studijními místy.
• Otevření nových chemických laboratoří v pavilonu chemie (budova D).
• Budování počítačové sítě MZLU. Celkem připojeno k síti 795 počítačů, 580 zaměstnanců univerzity využívalo elektronickou poštu. Hlavní univerzitní síť zapojena do brněnské metropolitní sítě BABS a české vysokorychlostní akademické sítě TEN34 CZ.
• Otevření lávky spojující areál univerzity v Brně-Černých Polích s Botanickou zahradou a arboretem.

2000/2001

• Rektorem prof. Ing. MVDr. Pavel Jelínek, DrSc., profesor speciální zootechniky (do 30. 1. 2000).
• Rektorem zvolen prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc., profesor fyziologie rostlin (od 1. 2. 2000).
• Sloučením dvou školních zemědělských podniků MZLU v Lednici a Žabčicích vznikl Školní zemědělský podnik MZLU v Brně se sídlem v Žabčicích a s depoziturou v Lednici.
• Na Provozně ekonomické fakultě otevřena bakalářská studia – studijní program Finance se studijním oborem Hospodářská politika a správa, studijní program Ekonomika a management se studijním oborem Management obchodní činnosti a studijní program Systémové inženýrství a informatika se studijním oborem Ekonomická informatika.
• Na Provozně ekonomické fakultě se uskutečnily kurzy celoživotního vzdělávání (sociálně ekonomický, management obchodní činnosti, personální management).
• Na Agronomické fakultě a Zahradnické fakultě pořádány kurzy k profesnímu zdokonalení (rostlinolékařství, trávníkářství, vinohradnictví, obnovené dřeviny).
• Na Agronomické fakultě zaveden do výuky 1. ročníků evropský kreditní systém výuky (ECTS).
• Zapojení fakult do mezinárodního programu LEONARDO DA VINCI, CEEPUS, pokračování bilaterálního programu (AKTION).
• Čestnými doktory MZLU slavnostně promováni prof. Dr. Gerhard Röbbelen, profesor Univerzity Georga Augusta v Göttingen (SRN) a prof. Dr. Tadashi Hiran, prezident Japonské Mendelovy společnosti v Japonsku.
• Budování univerzitního informačního systému (UIS), zřízen vývojový tým na PEF.
• Dokončeno výzkumné pracoviště – genová banka v Lednici (1997–1999).
• Výstavba budovy pro Ústav základů techniky a automobilové dopravy Agronomické fakulty (budova J). Likvidace původní strojní haly a budovy (budova D).
• Rekonstrukce hlavní budovy univerzity a reprezentativních rektorátních prostor (budova A).

2001/2002

• Rektorem prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc., profesor fyziologie rostlin.
• Nově akreditovány studijní programy ve smyslu Boloňské deklarace. Zahájeno třístupňové vysokoškolské studium s tříletým bakalářským programem, navazujícím dvouletým magisterským a tříletým doktorským programem. Akreditováno 14 studijních programů s 25 studijními obory pro bakalářské studium. 23 studijních programů se 44 studijními programy pro magisterské studium a 17 studijních programů s 29 studijními obory pro doktorské studium.
• Na Lesnické a dřevařské fakultě zaveden do výuky 1. ročníků evropský kreditní systém (ECTS).
• Zapojení univerzity do kurikulárního projektu Venkovská turistika (Rural Tourism) v rámci programu SOCRATES-ERASMUS.
• Prof. Ing. Karel Vinohradský, CSc., profesor MZLU pro obor ekonomiky zemědělství, jmenován čestným doktorem Slovenskej poľnohospodárskej univerzity v Nitre.
• Čestnými doktory MZLU slavnostně prohlášeni prof. Ing. Karel Svoboda, CSc., emeritní profesor Provozně ekonomické fakulty České zemědělské univerzity v Praze a prof. Ing. Ján Plesník, DrSc., pracovník Slovenské akademie věd.
• Zahájena výstavba objektu specializovaných výukových prostor dle návrhu autorského kolektivu Atelier Chlup (budova Q).
• Zahájena rekonstrukce budovy Lesnické a dřevařské fakulty (budova B).
• Rekonstruovány koleje P. Bezruče v Lednici.
• Výstavba nového včelína podle návrhu Ing. arch. Evžena Štreita (2001–2002).
• Výstavba druhé části skleníků pro ústavy Agronomické fakulty.

2002/2003

• Rektorem prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc., profesor fyziologie rostlin.
• Vzrůstající zájem o studium na MZLU v prvních letech 21. století. Zapsáno celkem 6 762 posluchačů, rekordní počet studentů v historii univerzity. Studia ukončilo celkem 1 257 absolventů.
• MZLU získala oprávnění udělovat jako přílohu k diplomu doklad o absolvované části studia, tzv. Diploma Supplement.
• Na Provozně ekonomické fakultě zahájena výuka na studijním programu Hospodářská správa a politika ve studijním oboru Veřejná správa.
• Čestnými doktory MZLU slavnostně promováni prof. Dr. Russel L. Jones, profesor Ústavu biologie rostlin a mikrobiologie Kalifornské univerzity v Berkeley (USA) a bývalý guvernér České národní banky Ing. Josef Tošovský.
• Založena Interní grantová agentura MZLU v Brně (IGA). Podáno prvních 152 návrhů projektů.
• Zřízen Ústav informačních a komunikačních technologií MZLU v Brně sloučením Ústavu výpočetní techniky, oddělení automatizace informační soustavy a vývojového týmu na Provozně ekonomické fakultě.
• Zřízen Institut celoživotního vzdělávání MZLU v Brně. Zahájen 1. ročník studia na Univerzitě 3. věku MZLU v Brně.
• Elektronický univerzitní informační systém (UIS) uveden do provozu.
• Práce vývojového týmu Ústavu informatiky Provozně ekonomické fakulty a Ústavu informačních a komunikačních technologií na tvorbě systému e-learning.
• Uskutečněna první videokonference z odborného semináře Brno – Výzkumné centrum vědecké kinematografie.
• MZLU členkou PEFC (celoevropský systém certifikace lesů).
• Zahájeno budování univerzitního centra pro celoživotní vzdělávání na křtinském zámku.
• Dokončen hospodářský objekt Botanické zahrady a arboreta.
• Zaveden objednávkový a výdejový systém KREDIT 7 v systému stravování. Propojen s bezhotovostními platbami z rozšířené nabídky stravovacích zařízení.
• Lyžař Martin Koukal, posluchač Manažersko-ekonomického oboru Provozně ekonomické fakulty, získal zlatou medaili v běhu na 50 km na mistrovství světa ve Val di Fiemme.

2003/2004

• Rektorem prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc., dr.h.c., profesor fyziologie rostlin.
• Univerzita zakládajícím členem Mendelova muzea genetiky se sídlem v Brně.
• MZLU se přihlásila do sdružení zástupců zemědělských univerzit středoevropského regionu – Zelená laguna.
• Na Agronomické fakultě zahájena výuka bakalářského a navazujícího magisterského studia studijního oboru Odpadové hospodářství.
• Na Zahradnické fakultě zahájena výuka v bakalářském studijním oboru Vinohradnictví a vinařství studijního programu Zahradnictví.
• Agronomické fakultě udělena akreditace magisterského studijního programu Biotechnologie odpadů se studijním oborem Biotechnologie a management odpadů.
• Zřízen Ústav jazykových a kulturních studií MZLU v Brně.
• Stávajícímu rektorovi MZLU v Brně, prof. Ing. Stanislavu Procházkovi, DrSc., udělen čestný doktorát Slovenskej poľnohospodárskej univerzity v Nitre.
• Čestné doktoráty MZLU uděleny prof. Dr. Richardovi Timothy Huntovi, nositeli Nobelovy ceny 2001 za fyziologii a medicínu a prof. Dr. Zdeňku K. Filipovi, DrSc. ze Spolkového úřadu pro životní prostředí v Berlíně (SRN).
• Realizace mezinárodní spolupráce ve výzkumu a vývoji (EUREKA, EUPRO, COST, INGO, KONTAKT, AKTION).
• Objekt specializovaných výukových prostor předán do užívání (budova Q).
• Zahájena stavba Lesní školy Jezírko v areálu bývalé hájovny mezi Soběšicemi a Útěchovem. Společný projekt MZLU, Krajského úřadu Jihomoravského kraje, Magistrátu města Brna a Domu ekologické výchovy Lipka.

2004/2005

• Rektorem prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc., dr. h. c., profesor fyziologie rostlin.
• Univerzita podstoupila mezinárodní evaluaci provedenou Asociací evropských univerzit (European University Association).
• Na všech studijních programech studovalo 7 285 studentů. Studium ukončilo 1503 posluchačů.
• Od konce roku 2004 univerzita přijímala přihlášky ke studiu i elektronickou formou.
• Pro výuku na Zahradnické fakultě zakoupen objekt bývalého Středního odborného učiliště v Lednici na Moravě.
• Institut celoživotního vzdělávání převzal z Provozně ekonomické fakulty výuku doplňujícího pedagogického studia (Studium učitelství odborných předmětů a Studium učitelství odborného výcviku). Současně zahájil kurzy studijních oborů Finance a Veřejná správa.
• Působení excelentních vědeckých pracovišť: Výzkumné centrum „Signální dráhy u rostlin“ na Ústavu biologie rostlin, Ústav ekologie lesa, Ústav chemie a biochemie a nově zřízené výzkumné centrum pro studium obsahových látek ječmene a chmele.
• K podpoře inovačního podnikání a komerčního využití výsledků výzkumu a vývoje se univerzita stala členem Jihomoravského inovačního centra.
• Univerzita se spolupodílela na založení a provozování Krajského informačního střediska pro potřeby zemědělství a venkova k rozvíjení venkovského prostoru.
• MZLU udělila čestný doktorát prof. Dr. Ing. Daliboru Povolnému, DrSc., emeritnímu profesorovi univerzity a významnému vědci v oborech entomologie, zoologie a ekologie“.
• Titul doctor honoris causa obdržel Ing. Dr. Rer. Nat. Franz Fischler, dr. h. c., exministr zemědělství a lesnictví Rakouska a emeritní člen Evropské komise pro zemědělství, rozvoj venkova a rybolovu.
• V prostorách univerzity postupně budován systém bezdrátového připojení počítačů (WiFi).
• Školní lesní podnik Masarykův les vybudoval jako součást Lesnického Slavína v k. ú. Bílovice nad Svitavou pomník Bohuslava Polanského, emeritního profesora Lesnické fakulty Vysoké školy zemědělské v Brně.
• Spolek trubačů Lesnické a dřevařské fakulty uspořádal 1. ročník Jarního vytrubování, koncert historické a moderní lovecké hudby.

2005/2006

• Rektorem prof. Ing. Stanislav Procházka, DrSc., dr. h. c., profesor fyziologie rostlin (do 31. 1. 2006).
• Rektorem prof. Ing. Jaroslav Hlušek, CSc., profesor agrochemie a výživy rostlin (od 1. 2. 2006).
• Ukončen proces zavádění evropského kreditního systému (ECTS) na všechny studijní programy univerzity.
• Lesnická a dřevařská fakulta otevřela bakalářské studium oboru Lesnictví v prostorách Střední lesnické školy v Hranicích na Moravě a navazující magisterský studijní obor Procesy zpracování dřeva v Brně.
• Provozně ekonomická fakulta zřídila na Městském úřadu v Kyjově detašované pracoviště pro praktické využití a aplikaci geografických informačních technologií v oblasti územní samosprávy.
• Zahradnická fakulta zahájila bakalářské studium oboru Management zahradnických a krajinářských úprav a oboru Jakost rostlinných potravinových zdrojů. Dále otevřela doktorský studijní obor Horticultural Production.
• Na Institutu celoživotního vzdělávání zřízen klub Univerzity třetího věku (U3V). Na Lesnické a dřevařské fakultě budována technologická centra zaměřená na nové výrobní procesy, nanotechnologie a bezpečné materiály pro bydlení.
• Na Zahradnické fakultě vzniklo unikátní pracoviště pro studium posklizňové fyziologie a technologie dužnatých plodů a řezaných květin.
• Provozně ekonomická fakulta získala statut akreditovaného testovacího střediska European Computer Driving Licence (ECDL ).
• Udělen čestný doktorát prof. Ing. Ivanu Hričovskému, DrSc., emeritnímu řediteli Výzkumného ústavu ovocných a okrasných dřevin v Bojnicích, prvnímu slovenskému profesoru zahradnictví Slovenské poľnohospodárské univerzity v Nitře.
• V křtinském arboretu započala výstavba umělého mokřadu a amfiteátru.
• Školní zemědělský podnik Žabčice zahájil výstavbu nové stáje na dochov skotu.

2006/2007

• Rektorem prof. Ing. Jaroslav Hlušek, CSc., profesor agrochemie a výživy rostlin.
• Na Lesnické a dřevařské fakultě zahájena výuka bakalářského studijního oboru Tvorba a výroba nábytku. Otevřeny magisterské studijní obory Výroba nábytku a Vývoj a tvorba nábytku. Akreditován doktorský studijní program Aplikovaná geoinformatika (bez studijního oboru).
• Provozně ekonomická fakulta otevřela bakalářský studijní obor Business Economics and Management a obor Automatizace a řízení. Zahájena studia magisterských studijních oborů European Studies in Business and Economics, Business Economics nad Management a doktorského studijního oboru Business Economics and Management.
• Institut celoživotního vzdělávání se stal vysokoškolským ústavem. Otevřel bakalářský studijní program Doplňující pedagogické studium se studijními obory Učitelství odborných předmětů a Učitelství odborného vyučování a odborného výcviku. Zahájil výuku Specializačního studia Rostlinolékařství a vzdělávacího programu Studium k výkonu specializovaných činností – koordinace v oblasti informačních a komunikačních technologií.
• MZLU se stala členem konsorcia European Animal Management (EURAMA). Do programu Joint Degree se zapojila Agronomická fakulta ve spolupráci s Provozně ekonomickou fakultou.
• Ústav nábytku, designu a bydlení Lesnické a dřevařské fakulty získal členství v klastru českých nábytkářů.
• Na Ústavu jazykových a kulturních studií předána do provozu jazyková laboratoř (budova E).
• Na Školním zemědělském podniku Žabčice založeny odbytové organizace OBIL, s.r.o. (odbyt obilovin a olejnin) a JATE, s.r.o. (odbyt vepřového a hovězího masa).
• V plenéru Botanické zahrady a arboreta zahájena tradice konání každoročních výstav studentů nábytkového inženýrství „Happening Land Art“.
• Zahájen provoz akademické vinotéky a vinařského informačního centra (budova E).

2007/2008

• Rektorem prof. Ing. Jaroslav Hlušek, CSc., profesor agrochemie a výživy rostlin.
• Na univerzitě studovalo celkem 9 665 studentů a studium ukončilo 2 144 absolventů.
• Založen International Student Club of Mendel University of Agriculture and Forestry in Brno – Mezinárodní studentský klub na Mendelově zemědělské a lesnické univerzitě v Brně. Začleněn do evropské studentské organizace Erasmus Student Network.
• Provozně ekonomická fakulta si jako první vysoká škola v republice ověřovala přijímací řízení formou eLearningových testů.
• Otevřeno univerzitní bakalářské studium oboru Podnikání v agrobyznysu.
• Na Agronomické fakultě zahájeno magisterské navazující studium oboru Jakost a zdravotní nezávadnost potravin.
• Lesnická a dřevařská fakulta nabídla integrální dvouletý magisterský program European Forestry.
• V prostorách Vyšší odborné školy v Boskovicích zřízeno detašované pracoviště Provozně ekonomické fakulty pro výuku bakalářských studijních oborů.
• Na Zahradnické fakultě akreditován doktorský studijní obor Horticulture Engineering.
• Institut celoživotního vzdělávání zřídil Poradenské centrum MZLU. V Kyjově a v Lednici na Moravě uvedl do provozu pobočky U3V.
• Na Ústavu informatiky Provozně ekonomické fakulty zahájena činnost laboratoře virtuální reality.
• Na univerzitě otevřena lokální CISCO Akademie (Local Cisco Networking Academy) a specializovaná laboratoř pro výuku v oblasti počítačových sítí.
• Fakulty uspořádaly 1. ročník veletrhu pracovních příležitostí, kontraktační setkání studentů a jejich potenciálních zaměstnavatelů (JOBFAIR ).
• Obnoveno vydávání původních monografií ve sborníku FOLIA UNIVER SITATI S AGRI CULTURAE ET SILVI CULTURAE MENDELIANAE BRUNENSIS.
• MZLU se stala prostřednictvím Lesnické a dřevařské fakulty koordinátorem České technologické platformy lesního hospodářství a navazujících průmyslových odvětví.
• V Lednici na Moravě otevřen rekonstruovaný pavilon a v něm umístěno i detašované pracoviště ústřední knihovny (budova D).
• Na Masarykův les Křtiny zřízeno středisko zeleně a arboret.

2008/2009

• Rektorem prof. Ing. Jaroslav Hlušek, CSc., profesor agrochemie a výživy rostlin.
• O studium projevilo zájem 11 411 uchazečů. Zapsáno 10 681 studentů. Studium ukončilo 2 475 absolventů.
• Zřízena Fakulta regionálního rozvoje a mezinárodních studií se dvěma bakalářskými studijními obory. Otevřela studijní obory Socioekonomický a enviromentální rozvoj regionu a obor Socioeconomics and Enviromental Development of Regions.
• Na univerzitě zaveden jednotný vizuální styl (JVS).
• Lesnická a dřevařská fakulta nabídla bakalářské studium Stavby na bázi dřeva. Otevřela doktorský studijní program Procesy tvorby nábytku.
• Provozně ekonomická fakulta zahájila bakalářské studium oborů Cestovní ruch a Management cestovního ruchu. Otevřela doktorské studijní programy Ekonomika a management, Hospodářská politika a správa a Systémové inženýrství a informatika.
• Zahradnická fakulta zahájila výuku magisterského studijního oboru Řízení zahradnických technologií.
• Institut celoživotního vzdělávání otevřel bakalářský studijní program Technické znalectví a pojišťovnictví a dvouleté studium v oborech Finance a Veřejná správa. Založil poradenské centrum pro studenty a zaměstnance. Otevřel pobočky U3V v Bruntále a Olomouci.
• Založen Klub absolventů MZLU v Brně jako samostatné občanské sdružení.
• Ústav informačních a komunikačních technologií se rozdělil na Ústav pro informační systém a Ústav pro provoz informačních technologií.
• Zkušebna stavebně truhlářských výrobků se stala celoškolským pracovištěm vyčleněním z Lesnické a dřevařské fakulty.
• Univerzita se stala partnerem projektu CENTRO PE a participovala na letní škole Centrope Summer Academy (CEAP).
• Udělen čestný doktorát prof. Ing. Mikuláši Látečkovi, Ph.D., profesoru krajinného inženýrství a rektoru Slovenské poľnohospodárské univerzity v Nitře.
• Zahájeno vydávání bulletinu Beskydy (The Beskids Bulletin). Navázal na Zpravodaj Beskydy vydávaný v letech 1988–2007.
• Ústav aplikované a krajinné ekologie Agronomické fakulty začal vydávat mezinárodní on-line vědecký časopis EUROPEAN COUNTRYSIDE.
• MZLU se zapojila do akce „Věda v ulicích“ s cílem přiblížit veřejnosti vlastní vědní obory.
• Na školních statcích ve Křtinách a v Žabčicích vybudována víceúčelová demonstrační centra pro praktickou výuku i bádání.
• Dokončena rekonstrukce Rybničního zámečku, původního sídla biologické stanice v Lednici na Moravě.